客户买进(做多)或卖出(做空)股票价格指数期货合约的委托指令一旦得到执行，交易所的清算机构(清算所)必须记录成交合约数量、成交价格和接受客户委托的经纪商所属清算公司的名称，并于当日交易收盘时按清算价格进行清算。
按照清算所规则，清算所只为清算会员进行清算。非清算会员的交易所成员必须将其当日成交的合约提交清算会员，后者将其自己的交易以及其客户的交易一起提交给清算所，由清算所完成清算。清算所首先要做的，是记录和核实交易双方的交易账目是否一致。若出现差错，则必须向有关清算会员核实校正。差错的校正通常要经过几个回合，直至核对无误，有关各方才签字确认，随后清算所予以清算。
完成清算，包括以下几个方面的含义：(1)全部清算会员的交易经过充分清算后，不同的清算会员或持有净多头合约头寸，或持有净空头合约头寸，但所有清算会员的净头寸理论上应等于零，不会存在轧多或轧少的问题。(2)按清算价格对清算会员保证金账户余额进行调整，即贷记盈利方账户，借记亏损方。各经纪商的客户保证金账户也同样作出相应的调整。这里，清算价格并非收盘价格，而是交易收盘前规定的时间内各笔交易价格的加权平均价格。(3)清算会员要对其账目下的合约头寸负履行合约的义务。该项义务直至其期货头寸了结为止。
